Der Michel besitzt fünf Orgeln: eine Marcussen-Orgel auf der Konzertempore, eine große Steinmeyer-Orgel mit ihren 85 Registern, 5 Manualen und 6674 Pfeifen, in der Krypta die romantische Felix Mendelssohn Bartholdy Orgel sowie ein Fernwerk mit Generalspieltisch im Dachboden. Am 1. Advent 2010 wurde zudem auf der Südempore die Carl-Phillip-Emanuel-Bach-Orgel eingeweiht.
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